鳄鱼它用肺呼吸，心脏分为四个室，它的口腔顶壁上有一块骨质的腭，把鼻腔和口腔隔开，它的牙齿只生在上下颌的齿槽内，而这些都和哺乳动物相似，这说明哺乳动物是由爬行动物进化来的。

鳄鱼的两只眼睛长在头部的上端，它除了眼睑以外，还有透明的瞬膜，这种结构使它能适应水中的环境。

由于鳄鱼不能在水里呼吸，鳄鱼呼吸时眼鼻露出水面。成年鳄鱼经常在水下，只有眼鼻露出水面。它们耳目灵敏，受惊立即下沉。午后多浮水晒日，夜间目光明亮。