飞行系神奇宝贝有：喷火龙、巴大蝴、波波、比比鸟、比雕、烈雀、大嘴雀、超音蝠、大嘴蝠、大葱鸭、嘟嘟、嘟嘟利、飞天螳螂、暴鲤龙、化石翼龙、急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、快龙、咕咕、猫头夜鹰、芭瓢虫、安瓢虫、叉字蝠、波克基古、天然雀、天然鸟、毽子草、毽子花等。