军统和中统并称国(guó)民（mín）党（dǎng）两大特务组织，是在抗日战争时期，为了提高工作效率，增强抗战力量，而决定成立的。那么军统和中统有什么区别呢？
首先是主管上级单位不同。军统直接隶属于军（jūn）事（shì）委（wěi ）员（yuán）会（huì），是军队编制，工作人员为现役军人。而中统由国(guó)民（mín）党（dǎng）中央党部管理，是党务机构，没有军衔。其次是职责和分工不同。中统仅限于党务调查、舆论控制和党政机关的思想监控，军统是用来监视、控制军队的部门，兼有谍战、反特和敌后武装等工作范畴。
最后是控制的势力范围不同。中统在各省各大城市的政府、党部和警察局中，具有最大化的控制力，而军统在野战部队、司令部和军事机构中有绝对优势。